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在当代肿瘤调节领域，肿瘤DNA甲基化标记物行动一种迫切的生物标记物，在癌症的早期会诊、调节选拔及预后评估中饰演着越来越重要的扮装。为了鼓吹DNA甲基化标记物在肿瘤处理中的应用，提高临床医技东说念主员及科研东说念主员对其迫切性的意志，同期范例检测历程，确保检测收场的准确性和可靠性，中国抗癌协会肿瘤标记专科委员会组织了一批领域内的大众学者，基于最新的征询效率和临床推行警戒，共同编写了本身人共鸣。本共鸣系统性地先容了DNA甲基化标记物的基本见识、检测时间、临床应用范围过火在肿瘤筛查、提拔会诊、随同会诊、复发监测和预后评估中的作用。本身人共鸣旨在为临床医师、征询东说念主员及检测东说念主员提供一套对于DNA甲基化标记物检测过火临床应用的领导性建议，以促进该领域的表率化发展，最终兑现个性化肿瘤诊疗政策的优化，为患者的早筛、早诊以及精确诊疗提供决策依据。根据相关领域的征询进展，本身人共鸣将实时进行纠正欧洲杯体育，以快活临床应用的需要。

本身人共鸣已在国际推行指南注册平台上登记，编号为PREPARE-2024CN173。凭证网罗于PubMed、中国知网、万方和维普等数据库，以及国度药品监督处理局（NMPA）、好意思国食物药品处理局（FDA）、欧盟医疗器械数据库（EUDAMED）等官方公开信息（检索适度2024年3月22日）。所及第的征询包括国表里公开发表的系统性综述、速即对照试验、部队征询以及病例对照征询等。通过对文件进行详尽分析并结合临床警戒初步笃定了推选建议。本身人共鸣的循证医学凭证等第参考牛津循证医学中心（OCEBM）的凭证等第（表1）。初步推选建议经过大众投票，投票选项包括快活、不笃定和不快活。根据大众投票收场，推选等第分为强推选、推选和未达成共鸣三个级别，若投票快活率越过90%视为强推选，70%~90%视为推选，不然为未达成共鸣。

伸开剩余94%

1、DNA甲基化标记物概述

DNA甲基化是一种DNA的共价修饰，具体是指DNA甲基篡改酶（DNA methyltransferases，DNMTs）将甲基加到DNA CpG序列中胞嘧啶的5'碳位，形成5-甲基胞嘧啶的过程。成簇的CpG被称为CpG岛（CpG islands，CGIs），主要位于结构基因的启动子和第一外显子区域。DNA甲基化标记物是癌细胞中的DNA荒谬甲基化改变，这种荒谬甲基化谄谀于癌症发生和发展的全过程。与传统的肿瘤标记物比较，DNA甲基化标记物具有更早期、更无创、更精确等优点。因此，不错通过非侵入性神气赢得的痰液、血浆、血清或尿液等样本进行DNA甲基化标记物检测。一些DNA甲基化荒谬发生在肿瘤形成的运转阶段，通过检测与肿瘤发展相关的甲基化标记物，不错提拔癌症早期会诊、评估进展风险。DNA甲基化标记物甲基化水平的增多或责问与肿瘤预后密切相关，可用于调节或根治性手术后评估肿瘤细小残留病灶（MRD）和监测复发。此外，DNA甲基化标记物还可行动化疗明锐性的标记，某些特定基因的甲基化可能预示着癌症对调节的响应，可用于判断化疗药物的疗效，以更好地领导调节决策。

2、DNA甲基化标记物的临床检测

2.1 临床样本前处理庄重事项

细胞基因组与游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）均可用于肿瘤DNA甲基化检测，常继承组织、血液样本，也可继承尿液、浆膜腔积液、灌洗液、粪便、拭子等样本。针对不不异本类型还应庄重以下事项：⑴组织样本。组织样本离体后应在低温、水合气象下保存和转运。如不可立即开展后续处理，可选拔将组织置于-70 ℃及以下环境，以永恒保存；或者制成石蜡包埋组织（formalin-fixed paraffin-embedded，FFPE），可于室温保存3~5年。⑵血液样本。采集血浆标本，抗凝剂采取EDTA或枸橼酸，不可使用肝素。检测cfDNA时建议足量采集2×10 mL全血。溶血、脂血和黄疸标本建议再行采集。样本输送过程中应幸免机械应力致血细胞松懈，气动管说念输送可能增多细胞基因组DNA开释。咫尺，临床肿瘤DNA甲基化分析常检测的血液组分包括外周血单个核细胞（peripheral blood monocyte，PBMC） 、轮回游离DNA（circulating cell-free DNA，ccfDNA）、轮回肿瘤DNA（circulating tumor DNA，ctDNA），但不同组分的生物学特色存在各异（表2）。继承普通抗凝采血管时，采集后至分离不宜超出4~6 h，因为后续白细胞褂讪性会下落；如条款适度、延长分离不可幸免，则在4 ℃下保存不超出24 h。继承添加防腐剂的采血管时，建议在3 d内进行分离。篡改无细胞血浆时应严格幸免混入细胞及细胞碎屑，并篡改至低DNA吸附管中保存。分离待测组分前不可冷冻保存含有红细胞的全血样本，以免严重溶血。经分离后待测组分可在-70 ℃及以下永恒保存，庄重幸免反复冻融，而且解冻过程需置于冰上逐渐进行。⑶清新体液及灌洗液样本。如样本含较多血液要素，可进行抗凝处理，幸免室温下永劫辰遗弃。可通过高速离心及超滤时间富集分离细胞或cfDNA。经分离后，待测组分的处理同血液样本。⑷粪便样本。粪便样本含精深微生物，采集保存过程应解任所用试剂耗材讲明并尽快送检，镌汰DNA抽提前非冷冻保存及输送时辰。推选使用含防腐剂保存液，以减少东说念主源性DNA降解。⑸拭子样本。应使用专用采集器，采样后可置于保存液或风干保存。风干拭子室温下保存不越过3 d，后续操作前需加入缓冲液重悬；在保存液中，拭子样本在2~8 ℃下保存不越过7 d，-20 ℃下保存不越过30 d。

各样样本经采集后，应尽可能减少转运关节与耗时，趁早分离检测组分。血液样本应幸免溶血，不可使用肝素抗凝。检测游离DNA时，采集量应弥漫，趁早继承两步离心法分离无细胞血浆，分离前不可对含红细胞血样进行冻存。清新体液及灌洗液样本如含较多血液要素可进行抗凝处理。粪便样本推选继承含防腐剂保存液。（推选等第：强推选）

2.2 DNA甲基化标记物检测时间方法

2.2.1 DNA索求与纯化 宜根据样本类型、检测目的选拔DNA索求纯化方法，临床常继承离心柱法和磁珠法。索求纯化应在有意区域内进行，cfDNA与细胞、组织样本应分区处理，以幸免基因组羞耻。推选使用自动化索求开辟，以减少批次间各异。索求后宜尽快检测，永恒保存应幸免反复冻融（建议≤3次）。针对不同检材，抽提前还应庄重以下操劳动项：⑴组织检材。取材应及第细胞密集区域，幸免出血、坏死、自溶部分。肿瘤细胞比例含量<20%时建议富集。清新组织块应经液氮冷冻后研磨或使用开辟幻灭匀浆。FFPE样本切片厚度以8~10 μm为宜，脱蜡后予酶消化去除卵白、脂质等物资，消化酶处理条款较清新组织浓度高（>20 g／L）、时辰长（3~5 h）。⑵细胞检材。粪便、体液、灌洗液、缓冲液拭子等样本可用于富集零碎细胞，其中粪便样本应以缓冲液或裂解液充分飘浮、裂解，离心去除不可溶性千里淀物后再操作。⑶cfDNA检材。抽提过程中采取特定磁珠居品可保留较完竣DNA、富集较短DNA片断，高效分离核酸故意于下流甲基化检测。cfDNA经索求纯化后应评估片断散播，以摈弃基因组DNA羞耻。

2.2.2 DNA挽救 咫尺DNA挽救的主流时间包括基于化学试剂的重亚硫酸盐挽救和基于酶法的慈祥挽救，而甲基化明锐的适度性内切酶时间（methylation sensitive restriction endonuclease PCR，MSRE-PCR）无需挽救处理。

基于化学试剂的重亚硫酸盐挽救时间通过重亚硫酸盐处理DNA，将DNA中未甲基化的胞嘧啶（C）挽救为尿嘧啶（U），经过PCR扩增后进一步变成胸腺嘧啶（T）而原来甲基化的C保合手不变，通过测序后对DNA序列的分析辨认甲基化气象的不同。重亚硫酸盐挽救时辰短，速率快，挽救效率高，但挽救过程中剧烈的温度和pH变化会导致DNA降解和断裂，因此此类挽救时间更适用于肇始量较高的样本。

基于酶法的慈祥挽救时间欺诈易位双加氧酶2（ten-eleventranslocation methylcytosine dioxygenase 2，TET2）和T4-噬菌体-β-葡糖基篡改酶（thermo scientific T4 -glucosyltransferase，T4-BGT）进行，该时间相对慈祥，幸免了DNA降解和断裂，但试剂储运条款要求高，操作繁琐，响当令辰长，挽救效率不如化学法褂讪，咫尺还有待进一步的临床考证。基于易位双加氧酶氧化和硼烷类化合物还原的新式酶法挽救时间能将甲基化的C挽救为二氢尿嘧啶（dihydro uracil，DHU），通过PCR扩增挽救为T，但此类时间挽救效率和褂讪性尚需进一步优化。

MSRE-PCR时间基于甲基化明锐的适度性内切酶无法切割位点中甲基化修饰序列的旨趣，无需对序列进行挽救。因此，MSRE-PCR需要的肇始样本要求低，比对效率高，是夙昔DNA甲基化检测应用具有发展后劲的标的。MSRE-PCR时间操作不详，DNA蚀本少，然而酶切效率需要进一步优化，以保证检测的准确性。

2.2.3 DNA甲基化检测平台 咫尺临床最常用的DNA甲基化检测平台为实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR，qPCR），下一代测序（next generation sequencing，NGS）和核酸质谱也有一定应用。qPCR平台可同期检测一个或数个DNA甲基化标记物，因操作不详而在临床中泛泛应用。qPCR平台对DNA进行挽救处理后，用引物和特异性探针对所测核苷酸位点进行检测，具有粗浅、高效、快速、可重叠等上风。数字PCR（digital PCR，dPCR）是新兴的第三代PCR检测时间，通过将每个核酸分子分拨到一个独处的空间内，对多个独处单位中的响应体系进行互相独处的扩增，并读取其响应后的荧光强度，以界定阴性和阳性过火比例。dPCR具有实足定量、灵敏度高、分辨率好等特色。

NGS不错同期进行数百个至全基因组的DNA甲基化检测，检测通量高，但时间和操作复杂。DNA甲基化检测的文库构建政策分为“先建库后挽救”和“先挽救后建库”两种。cfDNA检测主要包括5个关节：DNA索求、文库构建、测序、生信分析和叙述解读。NGS平台应结合客不雅条款和诊治需要选拔不同的基因panel，用于癌症早筛的NGS检测需要进行前瞻性临床试验。咫尺尚无获批临床使用的基于NGS平台的DNA甲基化检测居品，部分居品在注册评审过程中或以实验室自建检测方法（laboratory developed test，LDT）样式进行检测处事，适用于单癌种、多癌种或泛癌的检测。

核酸质谱平台基于基质提拔激光解吸电离航行时辰（MALDI-TOF）时间，可同期检测数个至数十个DNA甲基化标记物，可兑现中通量级别的褂讪检测，不错赢得最大500 bp范围之内一起一语气的CpG位点的甲基化定量水平。部分检测机构提供LDT检测处事，适用于单个或多个肿瘤的检测。检测时需庄重幸免响应体系中的Na+、K+等盐离子残留导致核酸峰的位置漂移，样本和基质的结晶要充分，仪器的质地校准要如期校对，校准准确度在400 ppm及以下，分辨率在400及以上。

抽提纯化所得DNA应根据样本类型制定质地及格表率并进行评价，包括浓度、纯度和DNA完竣性。cfDNA还应评估片断散播，以摈弃基因组DNA羞耻。DNA甲基化检测需要针对不同的标本类型与检测应用选拔稳妥的挽救方法，并关爱挽救时间的最新进展。qPCR具有高效、马上、操作粗浅等上风；基于NGS平台的DNA甲基化检测通量高，但操作复杂且老本较高；核酸质谱平台是一个在通量、价钱、时辰等方面均介于PCR和NGS时间之间的平台。DNA甲基化检测平台的选拔需要针对标记物数目、临床应用场景及检测条款进行详尽评估。（推选等第：强推选）

3、DNA甲基化标记物用于肿瘤筛查

3.1 DNA甲基化标记物在单癌种筛查中的应用

欺诈外周血进行cfDNA甲基化检测是连年来针对肿瘤早期进行无创会诊的迫切神气。2008年已有征询阐发结肠癌组织SEPTIN9基因启动子存在不同进度甲基化，并提议外周血SEPTIN9 甲基化可用于结直肠癌（colorectal cancer ，CRC）早期筛查 。2024年，《新英格兰医学杂志》连发两篇对于CRC无创筛查的征询效率，其中一款基于血液 cfDNA 基因组变异、DNA甲基化气象和碎屑组模式的CRC早期筛查器具Shield，在ECLIPSE征询中会诊CRC的明锐性为 83.1%（95%CI：72.2%~90.3%），特异性为 89.6%（95%CI：88.8%~90.3%）。通过检测LASS4、LRRC4、 PPP2R5C和ZDHHC1基因甲基化筛查,CRC的BLUE-C征询显露，其检测明锐性为 93.9%（95%CI：87.1%~97.7%）；检出晚期癌前病变的明锐性为 43.4%（95%CI：41.3%~45.6%），对非肿瘤性发现或阴性结肠镜查验的特异性为 92.7%（95%CI：92.2%~93.1%）。国内一项纳入1 381例患者的多中心前瞻性征询阐发RNF180和SEPTIN9基因甲基化是理思的胃腺癌标记物，对早期胃癌（Ⅰ期、Ⅱ期）的检测灵敏度远高于CEA、CA199、CA125等传统的卵白肿瘤标记物。《中国早期胃癌筛覆按察时间大众共鸣》初度提议，RNF180/Septin9基因甲基化检测可用于早期胃癌筛查，长入检测RNF180、Septin9基因甲基化和肿瘤标记物可进一步进步胃癌筛查的灵敏度。通过在肺泡灌洗液中长入SHOX2和RASSF1A甲基化检测对肺癌的总体会诊收场均优于单纯的细胞学查验，对肺癌的早筛早诊具有积极的临床真谛。继承外周静脉血进行靶向DNA甲基化测序，构建PulmoSeek模子用于提拔临床医师开发肺结节良恶性会诊模子，有助于提高早期肺癌的会诊。国内征询团队通过cfDNA的 DNA甲基化水平构建早期肝癌会诊预测模子，收场发现基于 cfDNA甲基化的预测模子对早期肝癌的灵敏度和特异度均优于传统血清标记物。

DNA甲基化时间也不错应用于宫颈癌筛查的高危分流，能对东说念主乳头瘤病毒（HPV）阳性患者进行初步分流。上海交通大学附属国际和平妇幼保健院团队开发了纳入3 251例hrHPV阳性女性的前瞻性征询部队，对HPV查验的剩余样本进行PCDHGB7基因甲基化检测，与细胞学检测比较，PCDHGB7甲基化检测减少了62.2%的非16/18型高危hrHPV阳性女性的转诊，显露出更为优胜的特异度（92.1% vs 74.9%）。

DNA甲基化时间为肿瘤早筛提供了一种高效、非侵入性且具有泛泛应用后劲的筛查方法，兑现了对结直肠癌、胃癌、肺癌、肝癌和宫颈癌的早诊早筛。（凭证等第：2级；大众推选等第：推选）

3.2 DNA甲基化标记物在多癌种筛查中的应用

跟着癌症筛查时间的不断越过，临床上主要有两种多癌种筛查政策，第一种所以全癌标记物为代表的单一标记物的全癌种筛查，第二种是结合了组织溯源时间的多个肿瘤标记物组合筛查政策。

3.2.1 基于全癌标记物政策的多癌种筛查应用 应用导航定位测序（guide positioning sequencing，GPS）时间，通过对全基因组DNA高精度和高遮蔽度的甲基化位点进行筛查，于文强团队挖掘了基于DNA甲基化位点的全癌标记物，这类DNA甲基化标记物可用于多种癌症的筛查，其中通过全基因组DNA甲基化数据挖掘的HIST1H4F基因在17种癌症中呈荒谬高甲基化。该团队筛选的全癌标记物PCDHGB7在不仅在TCGA数据库的17种癌症类型中王人呈高甲基化，后续还在13种临床肿瘤样本中得到考证。SIX6基因在10种常见癌症类型的 678 份临床样本进展出精深的高甲基化，其中，SIX6基因高甲基化会诊宫颈癌、子宫内膜癌及尿路上皮癌的ROC弧线底下积（area under the curve，AUC）分别为0.99、0.94及0.93，标明SIX6高甲基化是肿瘤进展的早期事件，不错应用于肿瘤的临床早期筛查。

3.2.2 基于cfDNA的DNA甲基化标记物在多癌种筛查中的应用 基于cfDNA的DNA甲基化标记物由于其非侵入性性情已成为癌症早期会诊有出路的生物标记物。一项针对cfDNA测序时间在肿瘤早筛中应用的征询显露，cfDNA甲基化是预测癌症信号开端的最好标记物，甲基化分类器具有最高的肿瘤检测灵敏度。在多癌种早检征询THUNDER中，对血液中的cfDNA进行靶向甲基化检测，检测结直肠癌、食管癌、肝癌、肺癌、卵巢癌、胰腺癌等6种肿瘤的明锐性为69.1%，特异性为98.9%。

跟着时间的发展，cfDNA甲基化与其他组学信息的整合极地面提高了肿瘤早期筛查的准确性。Van Thien Chi Nguyen征询团队应用cfDNA甲基化组学和片断组学信息，在乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌和肺癌等5类肿瘤中进行会诊考证，明锐性为72.4%、特异性为97.0%。清华大学征询团队通过cfDNA甲基化特征构建SRFD-Bayes会诊模子，在乳腺癌、结肠腺癌、肺鳞癌、肺腺癌、肝细胞癌和前哨腺癌等肿瘤中进行考证，该模子对肿瘤定位的平均准确率为76.9%，肿瘤早期检测的明锐性为86.1%，特异性为94.7%。

通过检测一种或几种在多种癌症中精深存在的DNA甲基化标记物大致快速地对多种癌症进行初步筛查。这种方法适用于大范围的东说念主群筛查，尤其是在资源有限的情况下，不错行动一种经济、灵验的筛查技能。此外，结合了组织溯源时间的多个肿瘤标记物组合筛查政策，提供了更为精确的筛查收场，但这种政策的时间要求及老本更高。在选拔稳妥的癌症筛查政策时，医疗专科东说念主员需要详尽计议筛查的目的、方针东说念主群的特色、可用的医疗资源以及患者的具体情况。（凭证级别：2级；大众推选等第：强推选）

3.3 DNA甲基化标记物在肿瘤筛查中的上风

DNA甲基化标记物在肿瘤筛查中有几大上风：⑴具备肿瘤特异性。在不同的肿瘤阶段，DNA甲基化位置和甲基化水平存在各异，而荒谬的DNA甲基化是肿瘤的特征之一。⑵发生在肿瘤早期以至癌前病变阶段。这些DNA甲基化的表不雅遗传变化大部分发生在肿瘤的早期，并合手续存在于肿瘤发展全程，且在一起肿瘤类型中精深存在。⑶不错液体活检。肿瘤组织中的DNA甲基化片断不错开释到血液和体液中，以ctDNA的样式存在，并可在血液中被褂讪地检测。⑷不受打扰。克隆造血导致的突变对检测血液中ctDNA的突变形成很大的影响，而检测ctDNA的甲基化不受影响。因此，在基于血液ctDNA的液体活检中，检测ctDNA甲基化比检测ctDNA突变更准确。

4、DNA甲基化标记物用于肿瘤提拔会诊

4.1 DNA甲基化标记物用于组织病理学检测

病理解诊（包括细胞和组织病理学查验）可能会受标骨子量和病理学家会诊水平的影响，新兴的分子会诊方法如DNA甲基化检测具有细腻的组织特异性，愈加明锐和客不雅，不错克服形态学会诊的固有瑕疵。

4.1.1 DNA甲基化用于提拔病理解诊 国内肺癌征询数据显露，在病理解诊绸缪缱绻的时候，穿刺活检FFPE样本的SHOX2和RASSF1A甲基化检测的特异性为90.4%，明锐性为89.8%。甲状腺癌亦然我国高发癌种，甲状腺穿刺的形态病理解诊亦然责任难点，欺诈甲基化芯片不错灵验辨认甲状腺良恶性病变，明锐性为94.3%，特异性为82.4% 。TIMP3、RARB2、SERPINB5、RASSF1、TPO和TSHR等6种基因甲基化组合在辨认甲状腺乳头状癌和平素甲状腺组织时进展出91%的明锐性和81%的特异性。乳腺穿刺样本不错通过10个甲基化计算的检测组合进行良恶性辨认，AUC值达0.960。前哨腺穿刺不错使用PITX2甲基化提拔会诊。穿刺病理长入甲基化检测行动提拔会诊不错进一步进步会诊效力，减少漏诊。

4.1.2 DNA甲基化用于病理亚分型 不同病理亚分型与患者的调节决策及预后密切相关，DNA甲基化标记物用于分子分型，也不错行动评估肿瘤侵袭性的神气之一。脑胶质瘤是临床上常见的一类颅脑肿瘤，其组成比在脑肿瘤中高达60%。《2020版好意思国国立详尽癌症汇集脑胶质瘤临床推行指南》指出MGMT基因启动子甲基化是扫数高档别脑胶质瘤（Ⅲ级和Ⅳ级）分子会诊的迫切部分，其启动子甲基化是脑胶质瘤患者预后的独处预测因子。2019年，NMPA批准石蜡组织切片MGMT基因甲基化会诊试剂盒应用于临床。外洋征询团队创建了一个核心神经系统肿瘤分类器，该分类器中76%的病理形态学和甲基化分级一致，12%的病例根据甲基化图谱赢得了纠正会诊。

肿瘤DNA甲基化检测不错在病理解诊繁难的标本中提拔提高会诊准确性（凭证级别：3级，推选等第：强推选）。肿瘤DNA甲基化标记物能进行更精确的分子分型，领导调节和预后评估，如MGMT启动子甲基化检测（凭证级别：1级；推选等第：强推选）。甲基化分类器模子应用在核心神经系统肿瘤分子分型中将进一步提高其病理解诊的准确性。

4.2 DNA甲基化标记物用于零碎细胞学检测

咫尺常见的含有肿瘤零碎细胞的标本类型主要有脑脊液、胸腔积液、腹腔积液、尿液、肺泡灌洗液等体液，以及粪便、宫腔名义刷取物、痰液等。

4.2.1 零碎细胞甲基化标记物用于女性生殖说念肿瘤的临床会诊 女性生殖说念内腔的流畅性让刷取宫颈零碎细胞进行无创分子检测子宫颈癌、子宫内膜癌成为可能。上海交通大学附属国际和平妇幼保健院团队对宫颈零碎细胞学查验的剩余样本进行PCDHGB7基因甲基化检测，PCDHGB7检测≥宫颈高档别鳞状上皮内瘤变的明锐性和特异性分别为82.1%和88.7%，检测宫颈癌的AUC为0.97。两项中国大型临床征询分别使用PCDHGB7甲基化和PAX1甲基化进行高危型HPV阳性女性的分层处理，会诊的明锐性分别为82.4%和76.9%，特异性分别为91.1%和91.6 %。国表里征询与大众建议，推选子宫颈癌DNA甲基化筛检临床旅途（图1）：⑴HPV阳性高风险或细胞学荒谬女性的分层处理；⑵ 宫颈Ⅲ型挽救区与潜在腺癌病东说念主风险评估；⑶病变（癌）调节后监测；（4）退出宫颈癌筛查计算的评估。

40%~50%的子宫内膜癌患者的宫颈零碎细胞可检测到子宫内膜癌细胞，这让使用零碎细胞进行内膜癌甲基化早期会诊具临床可行性。通过宫颈口零碎细胞检测子宫内膜癌，PCDHGB7甲基化对早期（Ⅰ期）子宫内膜癌会诊的明锐性为85.71%，特异性为80.60%，咫尺基于该基因的检测居品已赢得欧盟CE认证。CDO1和CELF4甲基化检测的明锐性和特异性分别为87.5%和90.8%，BHLHE22/CDO1/HAND2的明锐性和特异性分别为87.0%和86.0% 。卫生棉条网罗阴说念样本与医师采样可达到一致的DNA甲基化检测水平。国表里征询与大众建议，推选子宫内膜癌DNA甲基化筛检临床旅途：⑴影像学长入甲基化筛检；⑵生殖说念出血分层处理；⑶子宫内膜癌高风险东说念主群筛查。

4.2.2 零碎细胞甲基化标记物用于膀胱癌的提拔会诊 国内咫尺针对东说念主尿液零碎细胞检测试剂盒有2款被NMPA批准，分别是东说念主类TWIST1基因甲基化检测试剂盒和东说念主类ONECUT2/VIM基因甲基化检测试剂盒，检测明锐性分别为88.2%和91.2%；特异性分别为86.8%和85.7 %。一些基于尿液零碎细胞DNA甲基化检测早期膀胱癌的居品被FDA/CE批准上市，如AssureMDx（MDx Health，Irvine，CA，USA）及TAGMe（Epiprobe，Shanghai，China）。AssureMDx检测膀胱癌明锐性为93%，特异性为86%，TAGMe检测尿液中SIX6甲基化的气象，其会诊尿路上皮癌的明锐性为86.67%，特异性为90.80%，该居品已获欧盟CE认证，并于2023年赢得FDA的“冲破性医疗器械认定”。

4.2.3 零碎细胞甲基化标记物用于结直肠癌的临床会诊 2014年，FDA 批准群众第一款基于粪便零碎细胞DNA检测的肠癌早筛试剂盒Cologuard，用于结直肠癌高危风险东说念主群筛查。其包含有免疫法粪便潜血试验、KRAS突变检测、NDRG4和BMP3基因的甲基化检测。国内多款粪便零碎细胞甲基化检测试剂盒亦然基于这些计算进一步改善和提高试剂盒的会诊效用。针对国产试剂盒的征询数据标明，粪便基因甲基化检测对Ⅰ、Ⅱ期结直肠癌的会诊明锐性可达95.45％，特异性为81.6％，稳妥用于其提拔会诊。粪便基因甲基化检测存在的问题包括患者的允从性差、样本现场获取繁难、异质性高以及粪便样本检测科室经受度差等。居家采样结合实验室检测的模式可能更稳妥粪便样本检测。

4.2.4 零碎细胞甲基化标记物用于肺癌的提拔会诊 国内相关征询显露，肺泡灌洗液中长入SHOX2和RASSF1A甲基化检测对肺癌的总体会诊明锐性和特异性分别为72.8%和87.1%，明锐性显耀高于细胞学查验。该试剂盒已被NMPA批准用于肺癌高风险东说念主群提拔会诊。通过检测肺泡灌洗液样本中的HIST1H4F甲基化水平会诊肺癌，其特异性为96.7%，明锐性为87.0%，其中针对Ⅰ~Ⅱ期肺癌的明锐性为82.6%~84.5%。有团队构建基于胸水零碎细胞的PCDHGB7甲基化会诊模子，判断肺癌是否出现胸膜篡改的明锐性为94.21%。

零碎细胞DNA 甲基化检测是一种新式的、粗浅的、无创的提拔癌症早筛早诊器具。零碎细胞甲基化检测提拔宫颈癌、膀胱癌、结直肠癌及肺癌会诊已获NMPA批准，具备临床可行性，但仍需要在国内更多临床数据考证下完善DNA甲基化标记物使用的临床旅途（凭证等第：2级；大众推选等第：强推选）。

4.3 DNA甲基化标记物用于血液检测

血液中的DNA甲基化标记物不错在癌症发生早期被检测到，且随同癌症发展和调节过程。国表里也曾有精深的征询在不同癌种中对血液检测DNA甲基化标记物进行探索，以期大致提拔癌症会诊。

4.3.1 结直肠癌 征询显露外周血中甲基化SEPTIN9有助于提拔会诊结直肠癌，明锐性为80.0%，特异性为95.3%，长入免疫法粪便潜血试验（FIT）可进一步提高结直肠腺瘤的检出率。此外，结直肠癌患者血浆样本中Septin9、SDC2及BCAT1三种基因启动子区域呈高甲基化水平，Septin9长入SDC2、BCAT1具有较好的提拔会诊价值，明锐性为82.7%，特异性为96.9%，进一步长入FIT和CEA，其AUC为0.962。上述基因检测试剂盒已被NMPA批准用于疑似结直肠癌患者的提拔会诊。

4.3.2 胃癌 SEPTIN9与RNF180基因甲基化在胃癌患者血浆样本中显耀升高，胃癌检测的明锐性为61.76%，特异性为85.07%。该基因谱检测试剂盒已被NMPA批准用于胃癌家眷史或40岁以上胃癌高风险东说念主群的检测。RNF180、SEPTIN9基因甲基化长入其他肿瘤标记物可进一步进步胃癌会诊明锐性，一项前瞻性部队征询收场显露RNF180、SEPTIN9长入CA72-4检测的总明锐性为68.6%。

4.3.3 肺癌 肺癌患者血浆中SHOX2甲基化水平显耀升高，会诊明锐性为60%，特异性为90%，相较于肺腺癌，其会诊小细胞肺癌 （80%）和鳞状细胞癌（63%）具有更高的明锐性。SHOX2、RASSF1A及PTGER4等3种基因长入检测进展出细腻的辨认恶性和良性肺病的性能，明锐性为 87.0%，特异性为 98.0%，上述基因谱检测试剂盒已被NMPA批准用于疑似肺癌患者的提拔会诊。

4.3.4 肝癌 国内一项临床征询通过检测肝癌患者血浆ctDNA中的BMPR1、PLAC8、ATXN1及KLF3等10个基因的甲基化水平，会诊肝癌的明锐性为83.3%，特异性为90.5%。咫尺BMPR1和PLAC8基因甲基化试剂盒已被NMPA批准用于疑似肝癌患者的提拔会诊。还有征询发咫尺肝细胞癌患者ctDNA中存在精深独处的高甲基化基因位点，如DBX2、THY1、TGR5、MT1M、MT1G、INK4A、VIM、FBLN1、RGS10、ST8SIA6和RUNX。

4.3.5 妇科生殖说念肿瘤 比较于咫尺泛泛使用的CA125，cfDNA甲基化标记物的上风在于从平均风险东说念主群中识别出早期卵巢癌患者。一项征询使用APC、RASSF1A、CHDH1、RUNX3、TFP12、SRP5和OPCML等7种基因的组合甲基化检测卵巢癌，该组合检测卵巢癌的特异性为90.57%，其中检测早期卵巢癌的明锐性为85.37%，而CA125的明锐性仅为56.10%，特异性为64.15%。

血液DNA甲基化标记物检测提拔癌症会诊的凭证越来越多，尤其是DNA甲基化标记物在结直肠癌、胃癌、肺癌、肝癌的提拔会诊PCR试剂盒也曾在国内获批，然而还需要针对现存的居品不断进行时间优化，确保DNA甲基化检测的可重叠性和褂讪性（凭证等第：2级；大众推选等第：强推选）。DNA甲基化检测在卵巢癌中不异具有较好的应用前途，但尚未熟谙（凭证等第：3级；大众推选等第：强推选）。

4.4 DNA甲基化标记物应用于肿瘤溯源

原发灶不解恶性肿瘤（carcinoma of unknown primary，CUP）是一类经病理学会诊为篡改性恶性病灶，然而经过老例查验和评估仍不可笃定原发部位的异质性肿瘤，占一起肿瘤病例的3%~5%。越来越多的征询凭证标明通过对肿瘤甲基化气象的检测，不错兑现对肿瘤原发部位的溯源。FERNANDEZ等通过对1 628例肿瘤患者组织标本的甲基化图谱分析，坚定并识别出 24 种肿瘤特异性的甲基化改变模式，能用于CUP的肿瘤类型溯源。MORAN等构建的基于组织DNA甲基化谱的肿瘤类型分类器（EPICUP）在7 691个肿瘤的考证联结显露出99.6%的特异性和97.7%的明锐性，DNA甲基化谱预测了216例CUP患者中的188例（87%）的原发开端。ZHU等欺诈组织特异性单细胞RNA测序数据集构建了一个界说为13种实体组织类型和40种细胞类型的DNA甲基化图谱，收场显露该图谱大致正确地预测不同肿瘤类型的发祥细胞。

cfDNA甲基化已被讲解短长常有出路的特征性标记物，不仅能检测癌症，还能定位其组织开端。一项针对cfDNA的测序分析时间在肿瘤早筛中的临床征询，准确预测了75%（95/127）肿瘤样本的组织信号开端。还有征询开发了组织特异性DNA甲基化标记物，其中肝源性DNA实足浓度为能更好地辨认结直肠癌肝篡改患者和无肝篡改患者。STACKPOLE等开发了基于cfDNA的肿瘤溯源方法并应用于408例结肠癌、肝癌、肺癌和胃癌患者及对照组，在97.9%的特异性下，检测全期和早期癌症的明锐性分别为 80.7% 和 74.5%，溯源全期和早期癌症的准确率分别为89.1% 和 85.0%。

肿瘤溯源是肿瘤临床诊疗的迫切责任，可为肿瘤精确调节提供依据。有别于传统溯源方法，基于组织标本或cfDNA的DNA甲基化检测在肿瘤溯源领域展示出细腻的应用前途，但咫尺尚无获批检测试剂用于临床，后续仍需积存充分的临床考证数据，以开发健全的数据库和优化检测算法，进一步提高溯源时间的灵敏性和特异性（凭证等第：3级；大众推选等第：强推选）。具体临床推行中仍需结合组织病理进行肿瘤溯源。

5、DNA甲基化标记物在肿瘤随同会诊中的应用

5.1 DNA甲基化标记物提拔药物的选拔

MGMT启动子区域甲基化水平可用于评估脑胶质瘤对替莫唑胺的明锐性，启动子甲基化阳性的患者对替莫唑胺的明锐性高于甲基化阴性的患者。RASSF10基因甲基化可能是肝癌对多西他赛耐药的标记；QPCT启动子区域的甲基化进度及QPCT 的抒发水平不错行动预测肾癌对舒尼替尼明锐性的生物学标记物；p16甲基化是预测胃癌对阿贝西利（Abemaciclib）明锐性的潜在标记物；TROP2 甲基化可预测乳腺癌对他莫昔芬耐药；ERCC1和MGMT基因甲基化可行动结直肠癌患者对 FOLFOX 响应的预测标记物；HSP70甲基化通过与BCL2 mRNA 结合使其褂讪，导致胰腺癌细胞对调节产生耐药。

5.2 游离DNA甲基化标记物监测药物响应

跟着生物信息学的越过和cfDNA甲基化检测时间的不断熟谙，咫尺也曾开发了癌症特异性甲基化模式，使通过检测cfDNA甲基化（血液或其他体液）进行为态监测药物响应成为可能在经受新提拔化疗和/或手术的非小细胞肺癌中，RASSF1A和RARβ2甲基化会下落到健康受试者水平，指示动态检测DNA甲基化水平不错监测其调节响应。在经受顺铂化疗的肺癌患者中，24 h内APC和/或RASSF1A甲基化水平增多与总生涯期（overall survival，OS）增多相关。临床不雅察发现，对化疗和（或）放疗有响应的晚期肺癌患者在出手调节后7~10 d内血浆中SHOX2甲基化水平下落，且调节前和调节后7~10d的高SHOX2甲基化水平与较短的OS相关。在妇科肿瘤中，通过检测cfDNA中MLH1的甲基化水平可预测卵巢癌患者对铂类药物的明锐性；通过检测HOXA9和RAD51C基因的甲基化水平可预测PARPi的调节效果；而检测KANSL1甲基化水平可预测卵巢癌的免疫调节疗效。

MGMT基因甲基化水平与脑胶质瘤药物替莫唑胺的明锐性密切相关，该基因的甲基化检测也曾熟谙应用于临床（凭证等第：1级；大众推选等第：强推选）。一些基因的DNA甲基化水平与肝癌、胃癌、乳腺癌、肾癌、结直肠癌及胰腺癌的药物明锐性相关，但仍需更多临床试验进一步考证（凭证等第：3级；大众推选等第：强推选）。通过检测cfDNA的甲基化水平，不错动态监测肺癌和卵巢癌患者对调节决策的响应，但不同癌种的调节神气存在各异，且DNA甲基化评分表率也不同，在临床应用前需要开发相应质控表率（凭证等第：2级；大众推选等第：强推选）。

6、DNA甲基化标记物用于肿瘤预后监测

6.1 DNA甲基化标记物用于评估肿瘤的细小残余病灶

经手术或调节后的MRD是肿瘤复发的主要原因。DNA甲基化标记物用于MRD分析时不需要赢得原发肿瘤特征性的突变信息，其灵敏度不依赖于患者高频突变数目，对MRD检测具有很大的后劲。咫尺，已有凭证阐发DNA甲基化标记物可应用于MRD检测，以此识别术后高复发风险东说念主群，以筛选提拔调节获益东说念主群，幸免复发低风险患者承受过度的调节。

基于LUNAR-1征询收场，欺诈ctDNA突变长入ctDNA甲基化对结直肠癌患者进行MRD检测及复发监测，与单独ctDNA突变比较，整合ctDNA甲基化分析的明锐性提高25%~36%。一项前瞻性Ⅱ~Ⅲ期临床试验（注册号：NCT00958737）纳入805例结直肠癌患者分析了手术前后血浆样本中ctDNA甲基化标记物（WIF1和NPY）评估MRD与肿瘤复发的关系，发现ctDNA阴性组2年无病生涯率明白高于ctDNA阳性组（82% vs 64%）。另一项Ⅱ~Ⅲ期转头性征询纳入87例乳腺癌患者，经新提拔化疗后，患者血浆中ctDNA基于RASSF1A启动子的超甲基化（met-ctDNA）水平与残余肿瘤负荷进度显耀相关（P=0.008）；同期，术后1年met-ctDNA阳性患者中（7例）有3例出现肿瘤复发，而met-ctDNA阴性患者均未出现。

基于ctDNA甲基化标记物的MRD分析不需要对肿瘤组织进行测序以赢得原发肿瘤的特征性突变信息，而况不受克隆造血导致的突变打扰，可用于结直肠癌和乳腺癌患者术后或其他调节完全缓解后的MRD检测，有望成为肿瘤患者预后风险处理的重要器具（凭证等第：2级；大众推选等第：强推选）。DNA甲基化标记物在MRD分析上的应用后劲远未完全挖掘，仍需精深的临床数据来复旧其扩张至更多癌种，并对现存的时间历程和内容进行深化优化，以进一步提高其临床应用价值。

6.2 DNA甲基化标记物用于肿瘤复发监测

cfDNA较短的半衰期使其与肿瘤细胞演进气象密切相关，也使其用于肿瘤复发的动态监测成为可能。在一项肝癌的大部队临床数据征询中，通过整合全基因组甲基化水平、临床大数据分析和机器学习，开发了含有8个甲基化标记物的肝癌预后预测模子，生涯弧线显露高风险组生涯率均明白低于低风险组，且该预测模子对预后的评估才智优于临床分级。雷同地，基于ctDNA甲基化标记物的机器学习算法用于CRC患者的预后判断征询发现，调节后肿瘤残留患者及复发患者的评分较高，此外预后预测模子还能灵验预测CRC患者的预后和生涯期。还有一项针对Ⅰ~Ⅲ期CRC的多中心、前瞻性部队征询纳入了299例患者，分析手术前、手术后、提拔化疗时及化疗末端后血浆中6种ctDNA甲基化标记物水平，收场发现术后1个月ctDNA甲基化阳性患者的复发风险是阴性患者的17.5倍，而且该甲基化检测指示复发篡改早于影像学凭证，中位期提前3.3个月。在CRC中，cfDNA甲基化标记物结合血清CEA构建评分体系可在临床或影像学发现复发灶之前预测复发，提前的中位天数为106 d（范围：90~232 d）。在前哨腺癌患者中，多西他赛调节两个周期后检测不到血清GSTP1甲基化的患者生涯时辰更长，指示血清游离 GSTP1 甲基化可能是一种有后劲的临床试验替代止境和临床决策器具。

DNA甲基化标记物可用于评估肝癌、结直肠癌及前哨腺癌等肿瘤进展及复发的动态监测，优化患者风险分层及调节要领（凭证等第：2级；大众推选等第：强推选）。常还原发监测标记物与DNA甲基化预测模子相结合可进一步进步预测效用。

7、小结与瞻望

癌症是群众升天的主要原因之一，对癌症的“早发现、早会诊、早调节”不错责问扫数类型癌症的升天率。咫尺，表不雅遗传学领域的征询正处于蕃昌发展之中，其中DNA甲基化标记物的征询尤为杰出，其征询标的包括：⑴深化探讨DNA甲基化的调控机制，征询不同甲基化气象下肿瘤的发生、发展以及对调节的耐药性各异，为后续DNA甲基化标记物的开发提供愈加塌实的表面依据；⑵在时间层面，辛勤于开发新式甲基化挽救、甲基化检测时间和方法，以进步检测的特异性和明锐性，而况为临床应用铺平说念路；⑶开发组合的生物标记物，将多种DNA甲基化标记物结合或与其他类型的生物标记物结合使用，最终构建更可靠的生物标记物模子；⑷欺诈机器学习和深度学习算法对DNA甲基化数据进行预测分析，构建复杂的算法和模子，从海量的甲基化数据中识别出具有会诊或预后真谛的甲基化标记物。本身人共鸣全面梳理了DNA甲基化标记物的检测时间、临床应用过火在肿瘤处理中的后劲，提议了一系列具有前瞻性和推行领导真谛的共鸣推选。夙昔，期待本共鸣进一步落地和推行，为患者的健康添砖加瓦，为医学领域发展孝敬更多的贤惠和力量。

发布于：江苏省